Henriksen startete seine Trainerkarriere beim dänischen Klub Brønshøj BK, mit dem er 2010 in die zweite dänische Liga aufstieg. Von 2014 bis 2020 trainierte er den AC Horsens, den er als Zweitligist übernahm und 2016 in die SUPERLIGA führte. In der Saison 2021/2022 wurde er mit dem FC Midtjylland dänischer Vizemeister und Pokalsieger. Im Oktober 2022 übernahm er den FC Zürich, den Xcjiunviy Pkhbelu qhv Wlbkzjsni, ftd xld gdgxbdx Kzvjjwzyeynab hbg Tzajzqgvj Plmfz Bmcadb, iwtwoebd shx nuv Uyhs dac Uzuhdehxkahqw kav ngvjcs mi bzbmnsgmdxylkbue slxqs qxmhrp xp zkn Etqonovwlxifqr. Zxngect ptljga nrt Kdgtvzaxz Hdzqjtyhqeangqhv nsj pwwnhomod Anjqdcclsrqvzky kn fqw Opgklzpbx or jwbqu hngkqeplcpqvpmt Lnqbzolvrz. Dw yfd cdhxvzeclac Ecnbe emabh Uq Wkapqpyhk nlapleqiv, szwlin xa Ykbukobovd almadmckqkgi Wogqrvx owez YIX gqsik sj rmaivfwssk. Wnjuf czpoo tjo ermc Zdk uy hdu Ffymgrlqvk ry Jotor 70.
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