Am 8. Juni 1768 wurde Winckelmann in Triest in der Osteria Grande an der Piazza San Pietro, heute Piazza dell‘ Unità d’Italia, ermordet. Der Mörder Francesco Arcangeli hatte Winckelmann zunächst mit einem Strick attackiert und dann mit einem Messer schwer verletzt – vier der sieben Stichverletzungen waren tödlich. Die herbeigerufenen Ärzte konnten ihn nicht mehr retten. Winckelmann diktierte sein Testament und erlag sechs Stunden später seinen Verletzungen. Der Chef der Triester Kriminalpolizei nahm umgehend die Ermittlungen im Fall Winckelmann auf.
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