Innovative Wege ging Werner Strube schon im Sozialdienst für Hörgeschädigte, als er eine Theatergruppe für Gehörlose gründete und ein Konzept für Gebärdenkurse für Hörende entwickelte. Selbst der Gebärdensprache mächtig, brachte er seine fachliche Kompetenz als gewähltes Vorstandsmitglied in die Bundesarbeitsgemeinschaft katholischer Einrichtungen für sinnesbehinderte Menschen unter dem Dach des Deutschen Caritasverbandes ein. Als Leiter des Referates für Behindertenhilfe beim Caritasverband übernahm er die Geschäftsführung der damals gegründeten Arbeitsgemeinschaft Behindertenhilfe und Psychiatrie (AG BEPS).
Mit seinem Fachbereich „Besondere Lebenslagen und Teilhabe“ wirkte Werner Strube stark daran mit, dass das Persönliche Budget und die Idee der Inklusion auf Landesebene umgesetzt werden. Er trieb Innovationen voran, gerade bei der Frage, wie selbständig Menschen mit Behinderung leben können und entwickelte für diese Zeit radikale Visionen von Empowerment und einer selbstbestimmten Lebensweise.
Besondere Anerkennung erwarb sich Werner Strube unter anderem auch bei der Organisation des Diözesanen Ethikforums oder im Zuge der Gründung des Netzwerks „Ethische Fallbesprechungen“. Mit dieser spezifisch strukturierten Besprechungsform können Mitarbeitende in der Alten- und Behindertenhilfe ethische Dilemmata erkennen und für sich neue Handlungsoptionen erschließen. Federführend war er an der Entwicklung des „Lebensfadens“ beteiligt – ein Caritas-Angebot, das Menschen bei der Klärung von Fragen zur Patientenverfügung und Vorsorgevollmacht begleitet. Mit Beginn der Fluchtbewegung 2015 entwickelte und etablierte er gemeinsam mit den Caritas-Regionen die durch diözesane Mittel finanzierten „Caritasdienste in der Flüchtlingsarbeit“ (CaDiFa). Mit Einsetzen der Pandemie brachte Strube mit seinen Mitarbeitenden unter dem Stichwort „Blended Couseling“ in den Beratungsstellen der Caritas den Digitalisierungsprozess voran, indem eine Kombination aus analogen und digitalen Beratungsangeboten vor Ort implementiert wurde.
In seinem gesamten Berufsleben hat "Verbandsarbeit" für Werner Strube nach eigenen Worten immer bedeutet, "viele Menschen mit unterschiedlichen Kompetenzen und Stärken zusammen zu führen, denen der Caritasverband mit seinen Strukturen die Möglichkeit gibt, gemeinsam ein Gesamtkunstwerk der Menschenliebe und Gerechtigkeit zu schaffen."
In München geboren, war Werner Strube nach seinem Studium 1984 als Sozialdienst für Hörgeschädigte an der Caritas-Kreisstelle in Aalen für die Landkreise Ostalb und Heidenheim tätig, bevor er 1992 als Refereratsleiter für Behindertenhilfe (bis 2001) in die Geschäftsstelle des Caritasverbandes Rottenburg-Stuttgart wechselte. Nachdem er die Leitung des Fachbereichs „Besondere Lebenslagen und Teilhabe“ (2001-2013) und die stellvertretende Leitung des Kompetenzzentrums Sozialpolitik (ab 2010) übernahm, leitete er ab 2013 den Bereich „Soziale Arbeit“. Werner Strube ist verheiratet und hat zwei erwachsene Kinder.