Prof. Dr. Schnatterbecks Tätigkeit als Vorsitzender des Landesverbandes Baden-Württemberg begann am 4. Juni 2005, nachdem er zuvor zwei Jahre Stellvertreter des damaligen Landesverbandsvorsitzenden Dr. Friedrich Hirsch gewesen war. Seit Januar 2012 ist er zudem Mitglied des Vorstands des DJH-Hauptverbandes. 2010 wurde ihm die Honorarprofessur an der Fakultät für Geistes- und Sozialwissenschaften am KIT verliehen. Als Diplom-Pädagoge, Erziehungswissenschaftler und Schulpräsident war und ist Prof. Dr. Werner Schnatterbeck ein "exzellenten Fachmann" für das Deutsche Jugendherbergswerk, dessen Hauptgästegruppen immer noch die Schulklassen sind. Durch seine engagierte Art und sein Verhandlungsgeschick zeichnete er sich als Brückenbauer aus und verstand wirtschaftlichen Erfolg als Voraussetzung für die ideellen Zielsetzungen.
Prof. Dr. Schnatterbecks Amtszeit im DJH stand unter dem Motto "Kontinuität und Wandel". Kontinuierlich setzte er sich für die Werte des DJH ein und stellte die Alleinstellungsmerkmale der Marke heraus. Höhepunkte seiner ehrenamtlichen Tätigkeit waren unter anderem die Anpassung der Satzung im Jahr 2008, das Jubiläumsjahr "100 Jahre Jugendherbergen" und die Einführung der Briefwahl zur Delegiertenversammlung 2007. Er engagierte sich stark für die Konsolidierung der Fusion der beiden Landesverbände Baden und Schwaben zum jetzigen Landesverband Baden-Württemberg e.V. Die Geschäftsstelle in Karlsruhe wurde zum 30. Juni 2012 aufgelöst und mit der Geschäftsstelle in Stuttgart zusammengelegt. Prof. Dr. Schnatterbeck sorgte für eine Verjüngung in den Gremien und eine Verbesserung der Standards durch Investitionen in Modernisierungen und Umbaumaßnahmen. So begleitete er die Eröffnungen der modernisierten und erweiterten Jugendherbergen in Stuttgart, Sigmaringen, Bad Urach, Ravensburg und Mannheim. Während seiner Amtszeit wurde mit der Jugendherberge Stuttgart Neckarpark erstmalig eine zweite Jugendherberge in einer Großstadt eröffnet. Mit der Jugendherberge Rottweil entstand 2013 in der ältesten Stadt Baden-Württembergs wieder eine neue und moderne Jugendherberge. Die Eröffnung der, mit einem Gesamtvolumen von ca. 15 Mio. €, modernisierten Jugendherberge Mannheim wird am 16. Mai 2014 mit einem Festakt und am 18. Mai 2014 mit einem großen Tag der offenen Tür gefeiert werden.
Für seine Verdienste um das Deutsche Jugendherbergswerk wurde Prof. Dr. Werner Schnatterbeck am 11.04.2014 in Bielefeld mit der Silbernen Ehrennadel des DJH-Hauptverbandes ausgezeichnet. Auch im DJH-Hauptverband wird er als vielfältig engagierte Persönlichkeit, die sich insbesondere für die Werteorientierung eingesetzt hat, sehr geschätzt.