Der Umsteigepunkt Zwötzen wurde 2004 eingeweiht, es ist der erste Bahnhof in Thüringen, wo Züge, Busse und Straßenbahnen am selben Bahnsteig halten. Die DB hatte hier im Jahr 2000 die heutige östliche Bahnsteigseite neu gebaut. Der GVB fügte die westliche Bahnsteigseite hinzu und legte eine Wendeschleife um das Bahnhofsgebäude herum an.
Am Südbahnhof sind - was vielleicht einzigartig ist - für eine neue Verknüpfung nicht die Straßenbahnen und Busse zum Bahnhof, sondern der Bahnhof zu den Straßenbahn- und Buslinien geführt worden. Die DB hat hier den Bahnsteig zur Heinrichstraße hin verlängert und im Frühjahr 2007 einen Aufgang und einen Aufzug gebaut. Der GVB seinerseits hat, um den Fahrgästen den Weg zu verkürzen, beim Trassen- und Haltestellenneubau in der Heinrichstraße die Haltestelle Park der Jugend in unmittelbare Nähe des Bahnsteigaufgangs gelegt.
Die Haltestelle Hauptbahnhof/Theater hat der GVB im November 2006 mit der Stadtbahnlinie 1 fertig gestellt. Die Lage der Haltestelle unter den Bahnsteigen ist in vielerlei Hinsicht vorteilhaft: Der Bahnhof hat dabei einen Ausgang zu seiner Untermhäuser Seite erhalten und es ist eine Passage zwischen Untermhaus und dem Bahnhofsplatz mit dem Busbahnhof des Regionalverkehrs entstanden. Über Treppen und Aufzüge, die die DB zwischen Stadtbahnhaltestelle und Bahnsteigen angelegt hat, gelangt man mit wenigen Schritten und barrierefrei zu den Zügen.
Am Sonntagmorgen besuchen mehr als 50 Mitglieder von PRO BAHN, die aus ganz Deutschland angereist kommen, die drei Geraer Bahnhöfe.