Gegenwärtig liegt der Arbeitsschwerpunkt der Apotheke bei der individuellen Zubereitung von Arzneimitteln zur Behandlung von Krebserkrankungen. Die Anzahl beläuft sich, mit weiterhin steigender Tendenz, auf rund 20.000 pro Jahr. In den neuen sogenannten Reinräumen (nahezu keim- und partikelfreie Räume) der Apotheke des Klinikums Bielefeld arbeiten derzeit sechs pharmazeutisch-technische Assistentinnen sowie eine Apothekerin und ein Apotheker.
Bei der aseptischen Herstellung handelt es sich um die Herstellung und Abfüllung von nicht sterilisierbaren Arzneimitteln unter keimfreien Bedingungen in speziellen Reinräumen. Aufgrund der unterschiedlich zu treffenden Schutzmaßnahmen gibt es 2 Teilbereiche. In einem Bereich werden alle Arzneimittel zur Behandlung von Krebserkrankungen zubereitet, in einem separaten Bereich alle weiteren Arzneimittel, gegenwärtig insbesondere spezielle Augentropfen für unsere Augenklinik, die es nicht als Fertigarzneimittel zu kaufen gibt. Ein dritter Herstellungsbereich ist für zukünftige Anforderungen vorbereitet. Hier sollen dann Arzneimittel für sogenannte „neuartige Therapien“ zubereitet werden.
Die Reinräume besitzen ausschließlich glatte und leicht zu reinigende Wände und Oberflächen, ähnlich wie in modernen Operationssälen. Zusätzlich wird durch mehrere Filter gereinigte Luft, die nahezu vollständig frei von Partikeln und keimfrei ist, in die Räume geleitet. Die Partikelfreiheit ist nötig, um sicherzustellen, dass weder Partikel, noch eventuell darauf haftende Keime die Zubereitungen verunreinigen und somit den/die Patient*in schädigen können. Darüber hinaus wird durch einen Überdruck in den Räumen, verglichen mit dem Luftdruck in den angrenzenden Räumen, eine Verschmutzung des Reinraums mit Partikeln bzw. Keimen verhindert.