Prof. Dr. Nordmann, Intendant des Konzerthauses Berlin, hat mit großer Betroffenheit die Nachricht vom Tod des erfolgreichen Unternehmers aufgenommen: «Mit Werner Otto verlieren wir einen bedeutenden Menschen und engagierten Förderer, der unser Haus geprägt hat. Gemeinsam mit uns blickte er in die Zukunft und schenkte uns 2003 einen hochmodernen Konzertsaal, der uns als vierte Spielstätte zahlreiche Gestaltungsmöglichkeiten für unser Programm bietet. Dafür sind wir ihm sehr dankbar. In unseren Gedanken sind wir bei der Familie, besonders bei seiner Frau Maren und seinen Kindern».
Dem Konzerthaus Berlin ermöglichte Werner Otto mit einer großzügigen Spende den Umbau des ehemaligen Orchesterprobensaal zu einem multifunktionalen Konzertsaal, der nach ihm benannt wurde. 2003 wurde der Werner-Otto-Saal eröffnet, der heute für experimentelles Musiktheater, Kammermusik, Junior-Projekte, Proben und Bankette genutzt wird. Die Stadt Berlin ehrte ihn dafür mit der Ernst-Reuter-Plakette.