Fiedler absolvierte das Architekturstudium an der TU München und schloss dieses 2004 mit einem Sonderdiplom ab. Nach anschließender praktischer Tätigkeit in einem Architekturbüro in Freiburg wechselte er für ein Forschungsprojekt an die Hochschule für Technik Stuttgart (HFT Stuttgart). Dort entwickelte und koordinierte er als Geschäftsführer des Zentrums für Angewandte Forschung - Nachhaltige Energietechnik mehrere auch internationale Forschungs- und Demonstrationsprojekte an der Schnittstelle von Städtebau, Architektur, Bauphysik und Anlagentechnik.
Nach Stuttgart übernahm Fiedler eine Vertretungsprofessur an der Frankfurt University of Applied Sciences und lehrte im Bereich des Energieeffizienten Bauens. Daneben war er bis zu seinem Eintritt in die Fachhochschule Lübeck in einem Spin-Off Unternehmen der TU Darmstadt tätig, das zu allen Aspekten des energieeffizienten und nachhaltigen Bauens aktiv ist.
Zum Wintersemester 2016/ 2017 übernimmt Sebastian Fiedler die Professur für Bauphysik und Technischer Ausbau an der Fachhochschule Lübeck.