Matschie sieht auch weiterhin die Aufarbeitung der DDR-Vergangenheit als wichtigen Bildungsauftrag an: "Dazu gehört eine fächerübergreifende Auseinandersetzung mit dem SED-Unrecht in den Schulen."
Eine weitere Stärkung der DDR-Aufarbeitung bietet für Matschie der gezielte Einsatz der sogenannten SED-Millionen. "Damit können wir die Arbeit unserer Gedenkstätten sichern." Thüringen stehen insgesamt 19,5 Millionen Euro zur Verfügung. Im Bereich des Bildungsministeriums sind es 9,9 Millionen Euro. Unterstützte Vorhaben im Bereich des Bildungsministeriums sind z. B. die Gedenkstätte Andreasstraße, das Grenzlandmuseum Eichsfeld und der Demokratiebus.