Bei der gemeinsamen Umsetzung wird darauf geachtet, dass die Bemessung der Anlagen den im Einzugsgebiet vorkommenden Wanderfischarten Rechnung trägt. Zudem wird auf der Grundlage der Erklärung eine einheitliche Bewertung der Anlagen hinsichtlich ihrer Durchgängigkeit erfolgen. Die Ergebnisse werden bei der Flussgebietsgemeinschaft Weser zentral erfasst.
Aufgrund der hohen Anzahl von nicht durchgängigen Querbauwerken in den Fließgewässern wurden bereits durch die Länder Hessen, Niedersachsen und Thüringen diverse Pilotvorhaben durchgeführt. Im Gebiet des Projektes „Verbesserung und Vernetzung aquatischer Lebensräume“, für das im Mai 2004 der Startschuss gegeben wurde, waren zu Beginn von 87 vorhandenen Querbauwerken 54 für Fische nicht durchgängig. Nach nunmehr 3jähriger Projektlaufzeit wurde an 28 Standorten die auf- und abwärtsgerichtete Durchgängigkeit wieder hergestellt. Dazu mussten teilweise mehrere Passierungsmöglichkeiten geschaffen werden. Im nun letzten Projektjahr befinden sich derzeit zehn Standorte im Bau. An weiteren elf Standorten liegen Planungen bzw. Genehmigungen vor. Diese elf Anlagen sollen in diesem Jahr bautechnisch realisiert werden.
Zur Umsetzung des Projektes wurden vom Freistaat Thüringen, zu 75 % durch die EU kofinanziert, 4,7 Mio. Euro bereitgestellt, die mit dem Ende der Projektlaufzeit bautechnisch umgesetzt werden. Von den 54 für Fische unpassierbaren Wehranlagen wird durch Land, Kommunen und private Wasserkraftbetreiber an 49 Standorten die Durchgängigkeit wieder hergestellt.
Der Umweltminister Wilhelm Dietzel erklärte zur hessischen Situation: „Die vollständige Durchgängigkeit der grenzüberschreitenden Flüsse Werra und Ulster wieder her-zustellen, ist auch mir ein besonderes Anliegen. An diesem Ziel arbeiten die hessischen Behörden seit Jahren, in dem sie Gespräche mit den Betroffenen führen und entsprechende Planungen vorantreiben. Ich bin zuversichtlich, das Ziel in Hessen in absehbarer Zeit zu erreichen.“
Für Niedersachsen betonte Umweltminister Hans-Heinrich Sander: „Wichtig ist, dass die drei Stauanlagen im Unterlauf der Werra rund um Hann.-Münden gemeinsam mit der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes fischdurchgängig gemacht werden. Denn sie entscheiden letztlich über den Erfolg der Maßnahmen in Hessen und Thüringen.“ Bei einer der sanierungsbedürftigen Anlagen habe man bereits mit der Prüfung begonnen, wie die Durchgängigkeit für die Fische hergestellt werden könne.
Durch die gemeinsamen bisherigen Aktivitäten der Länder Hessen, Niedersachsen und Thüringen wurde der Grundstein für eine erfolgreiche Vernetzung der Hauptgewässer und eine perspektivische Anbindung von Laichhabitaten gelegt. Allerdings ist diese Aufgabe noch nicht beendet. Wir haben große, zusammenhängende Gewässersysteme vernetzt. Aber erst wenn alle Wehre auf den Wanderstrecken der Fische passierbar sind, wird das Ziel erreicht sein.