Das CTK verfügt über eine Mikrobiologie mit modern ausgestattetem PCR-Labor. Hier werden pro Jahr ca. 10.000 mikrobiologische Materialien untersucht und ca. 100.000 diagnostische Tests durchgeführt, insbesondere mit virologischen Fragestellungen. Dieser Bereich ist, ebenso wie die Bakteriologie, aufwendig nach DAkkS (Deutsche Akkreditierungsstelle) für 52 molekulardiagnostische Teste mit ca. 100 Erregern akkreditiert.
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