Lindner lernte das Orgelspiel bei Wolfgang Riegraf und Roland Götz. Im Kirchenmusikstudium studierte er Orgel bei Karl Friedrich Wagner und Klemens Schnorr. Nach dem A-Examen in Freiburg schloss er das Diplom "Alte Musik" an der Schola Cantorum in Basel ab. Er studierte bei Andrea Marcon Orgel und Cembalo und bei Gottfried Bach Generalbass.
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