Fatikows Forschungsinteresse gilt der automatisierten, auf Mikrorobotern basierten Handhabung und Charakterisierung nanoskaliger Objekte - z.B. Kohlenstoff-Nanoröhren, DNA-Fragmente oder Nanodrähte. Die wichtigsten Einsatzfelder sind die Mikrosystemtechnik und die Nanotechnologie, mit Anwendungen in der Mikro- und Nanoelektronik, Biotechnologie, Medizintechnik, Materialforschung.
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