Der Karzer diente der Universität in früheren Jahren zur Umsetzung ihrer Gerichtsbarkeit, später als Instrument, die Disziplin aufrecht zu erhalten. Ein Disziplinarbeamter sorgte für die Ordnung, doch 1920 kam für die Karzerstrafe das endgültige Ende. Der damals von Studentenverbindungen dominierte AStA war jedoch ganz und gar nicht für die Abschaffung des Karzers. Die Karzerstrafe war damals jedoch fast zu einem Spaß der Verbindungen degradiert und es war ein Sport, im Karzer einzusitzen, was auch die Wandkritzeleien zeigen.
Aus der Frühzeit der Universität waren Karzer-, Geldstrafen und Relegation, also die Verweisung von der Universität als Strafen gegen Universitätsangehörige üblich gewesen. Die akademische Gerichtsbarkeit musste in der Regel gegen Trinkgelage, wegen Delikten mit, wegen oder gegen Frauen handeln, wegen Ruhestörungen, Streitigkeiten und Händel gegen die städtischen Nachtwächter und Garnisonssoldaten aussprechen.
Beim Neubau des Universitätshauptgebäudes, dem heutigen KG I, wurden dort zwei Räume als Karzer eingeplant: einen beheizbaren als Winterkarzer bezeichneten Raum und den nicht beheizbaren Sommerkarzer zwei Stockwerke darüber. Beide Räume sind vom Treppenhaus beziehungsweise Turm aus zugänglich. Der 3000. Student der Universität, der im Sommer 1911 mit einem Festzug durch Freiburg gefeiert wurde, kam am 22.November 1911 auch als erster Bewohner in den Winterkarzer und erhielt daher den Titel „König Zufall“. Die Antifestschrift zur Einweihung des Kollegiengebäudes I lichtete ihn als triumphierenden Karzerinsassen ab. Im Darauf folgenden Semester wurde auch der unbeheizbare Sommerkarzer bezogen. Für Anton Thomas Trautner, den ersten Insassen des Sommerkarzers, zeichnete später sein Freund den noch heute sichtbaren und inzwischen restaurierten Fries, der den Lebensweg eines Studierenden in idealtypischen Szenen darstellt. Die Szenen reichen von der Kindheit, über die Immatrikulation an der Universität, zur Aufnahme in eine Korporation, Paukgänge, Festivitäten und Bälle, Kartenspiel, zeigen
spöttisch den Disziplinarbeamten der Universität als einer Kreuzung aus Karikatur und dem Universitätspatron Hieronymus, führt den Werdegang fort über die „bierakademischen“ Ereignisse, der Konfrontation mit der Staatsgewalt, zum Aufenthalt im Sommerkarzer mit Blick auf Freiburg. Daran schließen sich der universitäre Vorlesungsalltag und der Erwerb des Doktorhutes, Prüfung und Verleihung des Doktorgrades sowie der weitere berufliche Werdegang mit Familie und Ehrungen an, bis er schließlich mit dem Tod und Trauerzug endet. Der Karzerkünstler verewigte sich darunter mit den Zeilen: „Diesen Fries malte zu Ehren seines lieben Freundes Anton Thomas Trautner cand. med. aus Roding (Bayern), der diesen Karzer Ostern 1912 einweihte, Erwin Arthur Rousseaus.“
Die Karzer und der 1911 zusammen mit dem Kollegiengebäude I errichtete Turm sind ab dem Jubiläum mit Führungen des Uniseums zu besichtigen.