Ein Beispiel ist die Bio-Aquakultur. Die Erzeugung von Fisch in Aquakulturen hat im konventionellen Bereich keinen guten Ruf. Angefangen von der Zerstörung der Mangrovenwälder zur Shrimpszucht bis hin zu hoher Belastung mit Antibiotika bei Lachsen steht diese Haltungsform immer wieder in der Kritik. In der ökologischen Aquakultur werden zwar Mangrovenwälder aufgebaut und Antibiotika sind nicht zugelassen, dennoch ist die Erzeugung von Fisch in Aquakultur nicht artgerecht im Sinne des ökologischen Verständnisses. Der ökologische Landbau hatte seit jeher die Maxime, die Haltungsform den Tieren anzupassen und nicht umgekehrt. Ob Stallgebäude oder Freigehege, die Unterbringung sollte so gestaltet sein, dass arteigenes Verhalten möglich ist. "Diese Maxime wird bei der 'ökologischen Aquakultur' über Bord geworfen", so Sepp Brunnbauer "der Fisch hat sich seinem Netzgehege anzupassen, statt sein arteigenes Verhalten wie Beutefang, Wandern, Revierverhalten und Fortpflanzung auszuleben. Vergleichbar ist das mit der Käfighaltung von Legehennen. Damit werden entscheidende Prinzipien des ökologischen Landbaus verletzt."
Ein weiterer Kritikpunkt ist für den Biokreis-Geschäftsführer die Fütterung. Die Vorgabe, Fischmehl aus Resten der Biofischverarbeitung zu gewinnen wirft Probleme auf. So benötigt die Erzeugung eines Kilogramm Lachs rund drei Kilogramm Futter. Eine große Menge, wenn nur Biofischreste zur Verfügung stehen. Weit höher wiegt jedoch laut Sepp Brunnbauer die Gefahr, dass die ausschließliche Verfütterung von Fischmehl aus Fischabfällen eine große Schadstoffbelastung mit sich bringt, da dabei auch die Entgiftungsorgane der Fische wie Leber und Nieren verarbeitet werden. Durch die Verfütterung dieser Abfälle kommt es zu einer weiteren Konzentration der Giftstoffe im Endprodukt "Biofisch".
Eine Alternative sieht Sepp Brunnbauer in einer Imageverbesserung heimischer Friedfische. Schließlich muss der Karpfen nicht nur zu Weihnachten als Delikatesse auf dem Teller zu finden sein. Und wer nun auf Seefisch nicht verzichten will, sollte sich zumindest auf die nicht so gefährdeten Arten wie Hering, Makrele und Seelachs beschränken und Produkte aus nachhaltiger Fischerei kaufen, die mit dem MSC-Siegel gekennzeichnet sind. Besser wäre es jedoch, sich bewusst zu werden, dass eben nicht alles immer und jederzeit verfügbar ist und man seine Verzehrgewohnheiten dahingehend ändert. Nicht alles, was wir uns leisten können sollten wir uns leisten. Auch in "bio" nicht. Der Umwelt wie der Tierwelt zuliebe.