Der IV. Senat des BFH hatte vor diesem Hintergrund über einen Fall zu entscheiden, der die Kürzung des Verlustabzugs beim Ausscheiden eines Gesellschafters aus einer Personengesellschaft im Erhebungszeitraum 2000 betraf (IV R 4/06). Der BFH hielt die rückwirkende Anwendung der Neuregelung für verfassungswidrig, soweit danach der gewerbesteuerrechtliche Verlustabzug in größerem Umfang gekürzt wird, als es das im Zeitpunkt des Ausscheidens des Gesellschafters geltende Gesetz vorsah. Er hat das Verfahren deshalb mit Beschluss vom 19. April 2007 ausgesetzt und dem Bundesverfassungsgericht vorgelegt.
Der BFH ist der Auffassung, dass es sich bei der rückwirkenden Schlechterstellung um eine verfassungsrechtlich grundsätzlich unzulässige sogenannte echte Rückwirkung handelt, wenn die maßgeblichen wirtschaftlichen Dispositionen vor Verkündung des JStG 2007 getroffen wurden.
Zwingende Gründe, die ausnahmsweise eine Durchbrechung des rechtsstaatlichen Rückwirkungsverbots rechtfertigen könnten, hat der BFH verneint. Durch die Neuregelung werde entgegen der in der Gesetzesbegründung vertretenen Ansicht nicht lediglich eine schon herrschende Rechtspraxis gesetzlich festgeschrieben. Vielmehr habe die von der Finanzverwaltung in der Vergangenheit unter Abweichung von der BFH-Rechtsprechung vertretene Rechtsauffassung durch das JStG 2007 erstmals eine gesetzliche Grundlage erhalten. Der Versuch des Gesetzgebers, die ständige BFH-Rechtsprechung zum gewerbesteuerrechtlichen Verlustabzug rückwirkend zu korrigieren, sie gleichsam für die Vergangenheit ins Unrecht zu setzen, gebe keinen Anlass zur Annahme einer verfassungsrechtlich zulässigen Rückwirkung. Nach dem Grundgesetz komme der höchstrichterlichen Rechtsprechung und nicht der Finanzverwaltung die Aufgabe letztverbindlicher Rechtserkenntnis über Bundesrecht zu.