Wilfried Wagner, geboren am 29. Dezember 1942 in Wien, begann seine Laufbahn nach dem Studium der Rechtswissenschaften in München im Jahre 1971 in der Bayerischen Finanzverwaltung. Vom November 1975 bis September 1979 war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an den Bundesfinanzhof abgeordnet und hier in den Senaten IV, V und VI mit Verfahren aus dem Ertragsteuerrecht und der Umsatzsteuer befasst. Anschließend wechselte er als Richter an das Finanzgericht München. Im April 1985 wurde Wilfried Wagner nach seiner Wahl zum Richter am Bundesfinanzhof vom Präsidium des obersten Gerichts für Steuer- und Zollsachen dem für Umsatzsteuer zuständigen V. Senat zugewiesen. Dessen Vorsitz übernahm er im Dezember 1999 und behielt ihn auch nach seiner Ernennung zum Vizepräsidenten im Juni 2005 bei.
In seiner mehr als 22 Jahre umfassenden Zugehörigkeit zum Bundesfinanzhof hat sich Wilfried Wagner neben seiner richterlichen Tätigkeit auch in vielen weiteren Funktionen für den Gerichtshof engagiert. Von 1990 bis 1996 war er als Pressereferent für die Öffentlichkeitsarbeit im Bundesfinanzhof verantwortlich. Viele Jahre wirkte er als Mitglied des Präsidiums und des Präsidialrats des Gerichts.
Auch in der Fachöffentlichkeit ist Wilfried Wagner in besonderer Weise hervorgetreten. Schwerpunkt seiner langjährigen unterrichtenden Tätigkeit an den Universitäten Konstanz und Augsburg sowie seines umfangreichen schriftstellerischen Werkes war und ist bis heute die Fortentwicklung des Umsatzsteuerrechts als Gemeinschaftsrecht der Europäischen Union. Wilfried Wagner ist Mitautor eines Standardkommentars zur Umsatzsteuer; auf Fachtagungen ist er seit Jahren ein gefragter Referent und ausgewiesener Diskussionsteilnehmer. Seit 2003 ist er Herausgeber der Entscheidungssammlung BFH/NV.