Biokraftstoffe und Pflanzenöle müssen zukünftig mit Hilfe von Zertifizierungssystemen ihre Nachhaltigkeit beim Anbau und in der Herstellung nachweisen, nur dann können sie auf die Biokraftstoffquote angerechnet werden oder nach dem Erneuerbare-Energien-Gesetz (EEG) gefördert werden. So darf der Anbau von Biomasse für Biokraftstoffe und Pflanzenöle nicht mit der Umwandlung von Flächen mit hohem Kohlenstoffbestand und hoher Biodiversität einhergehen. Zu den geschützten Flächen gehören Naturschutzgebiete, Urwälder, Wälder, Feuchtgebiete und Grasland. Zudem müssen Biokraftstoffe und Pflanzenöle nachweislich mindestens 35 Prozent Treibhausgas-Emissionen gegenüber dem fossilen Kraftstoff einsparen.
Deutschland ist Vorreiter bei der Umsetzung der Nachhaltigkeitszertifizierung. Die Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) ist mit der Anerkennung von Zertifizierungssystemen betraut. Die Behörde hat bereits zwei Zertifizierungssysteme und acht Zertifizierungsstellen für die Tätigkeit der Zertifizierung vorläufig anerkannt.