Das Bundesumweltministerium begrüßt die Entscheidung des Gerichtshofs: "Eine höchst-richterliche Klärung dieser Frage schafft Rechtssicherheit nicht nur an der Ems sondern für das gesamte bestehende Netz "Natura 2000". Vorbehaltlich der noch ausstehenden Entscheidung des Verwaltungsgerichts ist damit der Weg frei, auch die Gemeinschaftsliste der FFH-Gebiete in Deutschlands abzuschließen, nachdem bereits im letzten Jahr Klarheit über die Kulisse der Vogelschutzgebiete erzielt werden konnte. Auf dieser Grundlage können Bürgerinnen und Bürger, Unternehmen und Behörden belastbar planen. Kommunale und wirtschaftliche Interessen können dabei im Rahmen des Gebietsmanagements angemessen berücksichtigt werden. Dies gilt auch für die Stadt Papenburg, ihren Hafen und die dort ansässige Meyer Werft.
In dem zweiten Teil des Urteils äußerte sich der Gerichtshof zu der Frage, ob Unterhal-tungsmaßnahmen einer Verträglichkeitsprüfung zu unterziehen sind. Unterhaltungsmaßnahmen können danach grundsätzlich auch ein Projekt darstellen und damit der Verpflichtung zur Verträglichkeitsprüfung unterliegen. Für wiederkehrende Unterhaltungsmaßnahmen zeigt das Gericht einen Weg zur Lösung. Hierzu das BMU: "Klar ist, dass sowohl an der Bundeswasserstraße Ems als auch bei anderen rechtmäßig zugelassenen Vorhaben die für die Aufrechterhaltung der Nutzung erforderlichen Maßnahmen möglich bleiben. Dabei ist jeweils zu prüfen, wie den Belangen des Naturschutzes am besten Rechnung getragen werden kann. Soweit öffentliche Interessen, wie die Stärkung der regionalen Wirtschaftskraft oder die Erhaltung und Schaffung von Arbeitsplätzen auf dem Spiel stehen, wird gegebenenfalls von der durch die FFH-Richtline eröffneten Möglichkeit einer Ausnahmeentscheidung Gebrauch zu machen sein".
Das Gebiet "Unterems und Außenems" war vom Land Niedersachsen als mögliches Gebiet von gemeinschaftlicher Bedeutung ausgewählt und der Europäischen Kommission vorgeschlagen worden. Der Bundesrat hatte im Juni 2007 seiner Aufnahme in den von der Kommission vorgelegten Entwurf einer Gemeinschaftsliste zugestimmt. Im Rahmen der im Februar 2008 erhobenen Klage der Stadt Papenburg hatte das Verwaltungsgericht Oldenburg im Mai 2008 beschlossen, den Europäischen Gerichtshof im Wege eines Vorabentscheidungsverfahrens anzurufen. Das Bundesumweltministerium hatte sich bis zur endgültigen Entscheidung des Rechtsstreits verpflichtet, keine weiteren Schritte zur Erteilung des Einvernehmens zu unternehmen.