1992 war für die damalige Gesellschaft Československé aerolinie ein Umbruchjahr. Die Gesellschaft verwandelte sich aus einem Staatsbetrieb in eine Aktiengesellschaft. Bereits im April tauchten in der Flottille der Gesellschaft neue moderne Propellerturbinenflugzeuge ATR 72 auf, die dann auch auf den regelmäßigen Flügen zwischen Düsseldorf und Prag eingesetzt wurden. In der zweiten Jahreshälfte begrüßte die Gesellschaft dann neue strahlgetriebene Flugzeuge Boeing 737-500, die schrittweise die Maschinen sowjetischer Produktion ablösten. Die letzten Maschinen sowjetischer Produktion, die Flugzeuge Tupolev 134A, wurden 1997 auf Flügen nach Düsseldorf eingesetzt.
Düsseldorf war eine von neun neuen Destinationen, um die sich der Flugplan der damaligen Gesellschaft Československé aerolinie in der Sommersaison 1992 erweiterte. Nach Berlin, Frankfurt und Hamburg war Düsseldorf die vierte Destination, die von der damaligen Gesellschaft Československé aerolinie in Deutschland eröffnet wurde.
In den vergangenen zwanzig Jahren wurden die Verbindungen der Czech Airlines auf der Linie aus Düsseldorf nach Prag und zurück von fast einer Million Reisenden genutzt. Die überwiegende Mehrheit von ihnen, fast 700 Tausend, reiste zwischen Düsseldorf und Prag in den letzten zehn Jahren. Im Vorjahr beförderte die Czech Airlines auf der Strecke von und nach Düsseldorf fast 100 Tausend zufriedene Kunden, was in der gesamten Geschichte der Linie die höchste Zahl darstellt. Zwischenjährlich kam es zu einer Erhöhung der Anzahl der Reisenden um 2 %. In der bisherigen Geschichte der Linie transportierte die Gesellschaft auf Flügen nach und aus Düsseldorf mehr als 2,1 Millionen Kilogramm Ware und über 4000 Kilogramm Postsendungen. Die Flugzeuge der Czech Airlines erhoben sich auf der Strecke zwischen den beiden Metropolen mehr als 8000 x in die Lüfte. Die Gesamtanzahl der in der 20-jährigen Geschichte der Linie geflogenen Kilometer übersteigt 9 Millionen, was das 225-fache des Äquatorumfangs ist.
Direktflüge zwischen Prag und Düsseldorf wurden zu Beginn nur fünfmal wöchentlich, immer am Montag, Diensttag, Donnerstag, Freitag und Sonntagnachmittag operiert. In der Sommersaison 2012 bietet die Czech Airlines regelmäßige Flüge aus Düsseldorf nach Prag im Durchschnitt zweimal täglich an. Die morgendliche Verbindung aus Düsseldorf wird täglich außer sonntags 9:05 Uhr mit Ankunft in Prag 10:30 Uhr abgefertigt. Die abendliche Frequenz fliegt dann 19:15 Uhr außer samstags aus Düsseldorf ab und landet 20:35 Uhr in Prag. Die Ankunftszeiten in Prag sind so eingestellt, dass Reisende aus Düsseldorf nach einem kurzen und einfachen Umstieg in Prag ihren Flug an Bord der Czech Airlines zu Destinationen in Osteuropa fortsetzen können, wie z.B. nach Petersburg, Moskau, Kiew, Odessa, Lemberg, Donezk, Minsk, Samara, Ufa, Baku, Jerewan, Jekaterinburg oder Rostow am Don. Das gleiche gilt in der anderen Richtung aus Osteuropa über Prag nach Düsseldorf.
Die Czech Airlines als Vorzeige-Fluggesellschaft der Tschechischen Republik stellt Verbindungen aus Prag und auch über Prag in bedeutende Destinationen in Europa, Mittelasien, Transkaukasien oder im Nahen Osten sicher. In Zusammenarbeit mit ihren Partnern bietet sie in der Sommersaison 2012 Verbindungen in 93 Destinationen in 50 Ländern der Welt an. Zusammen mit ihren Schwestergesellschaften gewährt sie ihren Kunden hochwertige Dienstleistungen.
Seit 2001 ist die Czech Airlines Mitglied der Flugallianz SkyTeam, die den Klienten der Mitgliedsfluglinien eine große Auswahl an Destinationen, Tausende Frequenzen und Anschlussverbindungen anbietet. Die fünfzehn Mitglieder der Allianz - Aeroflot, Aeroméxico, Air Europa, Air France, Alitalia, China Airlines, China Eastern, China Southern, Czech Airlines, Delta Airlines, Kenya Airways, KLM Royal Dutch Airlines, Korean, Tarom Romanian Air Transport Air und Vietnam Airlines - befördern jährlich 487 Millionen Reisende, die täglich mehr als 14 500 Flüge in 926 Destinationen in 173 Ländern der Erde nutzen können. Im Jahr 2010 feierte die Allianz SkyTeam ihr zehnjähriges Bestehen.
Die Czech Airlines sind Inhaber des Zertifikats gemäß dem Standard ISO 14001 (Umweltschutz) und des Zertifikats gemäß den Anforderungen IOSA (IATA Operational Safety Audit), welche die fortgeschrittensten Sicherheitsstandards im Flugverkehr darstellen.