Geboren in Magdeburg, siedelte Jürgen Bauer mit seinen Eltern 1950 nach Bayern über. Von 1963 bis 1969 studierte er Bauwesen an der TU München. Nach verschiedenen Stationen in der bayerischen Wasserwirtschaftsverwaltung und deren Umfeld, etwa bei der Flughafen München GmbH und im Bayerischen Innenministerium, wurde Jürgen Bauer im Bayerischen Landesamt für Wasserwirtschaft (LfW) 1992 Leiter der Abteilung "Wasserbau und Gewässerentwicklung". 2006 schied er als Leitender Baudirektor und Leiter der Abteilung "Schutz oberirdischer Gewässer" aus dem Dienst beim Bayerischen Landesamt für Umwelt, in dem das LfW inzwischen aufgegangen war, aus.
1994 wurde Jürgen Bauer zum stellvertretenden Vorsitzenden des Landesverbands Bayern der Deutschen Verbands für Wasserwirtschaft und Kulturbau (DVWK) gewählt, der mit der damaligen Abwassertechnischen Vereinigung (ATV) im Jahr 2000 zur heutigen DWA verschmolzen wurde. Seit dieser Fusion ist er einer der beiden stellvertretenden Vorsitzenden des DWA-Landesverbands Bayern. Er wirkt hier als Ansprechpartner für die Themengebiete Hydrologie, Wasserbau, Hochwasserschutz und Gewässerentwicklung. Viele Fortbildungsveranstaltungen sowie Seminar- und Tagungsangebote konnten nur Dank seiner tatkräftigen Initiative und Unterstützung durchgeführt werden. Die wesentlich von ihm mitgestalteten internationalen Symposien im Europäischen Patentamt und die Nürnberger Wasserwirtschaftstage ziehen regelmäßig jeweils mehr als 400 Teilnehmer an.
Ein weiteres "Steckenpferd" von Jürgen Bauer ist der Mitgliederrundbrief des DWA-Landesverbands Bayern, für den er seit vielen Jahren die redaktionellen Arbeiten übernimmt. Dieser Mitgliederrundbrief war für alle anderen Landesverbände Vorbild und Anregung und trug auch mit zur Integration von DVWK und ATV bei.