Prof. Dr. Eberhard Umbach, der seit 1. Mai 2007 als Vorstandsvorsitzender das Forschungszentrum Karlsruhe leitet, hat das Amt des Vizepräsidenten für den Forschungsbereich Energie angenommen. Prof. Dr. Johann-Dietrich Wörner, seit 1. März 2007 Vorstandsvorsitzender des Deutschen Zentrums für Luft- und Raumfahrt, wird Vizepräsident für den Forschungsbereich Verkehr und Weltraum.
Das Präsidium der Helmholtz-Gemeinschaft besteht aus insgesamt acht Vizepräsidenten und dem Präsidenten Prof. Dr. Jürgen Mlynek selbst. Die Vizepräsidenten unterstützen, beraten und vertreten den Präsidenten bei der Wahrnehmung seiner Aufgaben. Dazu gehören die Umsetzung der programmorientierten Förderung, die Koordination der forschungsbereichsübergreifenden Programmentwicklung und die Entwicklung der Gesamtstrategie. Jeder der Vizepräsidenten ist dabei auch Koordinator eines der sechs Forschungsbereiche der Helmholtz-Gemeinschaft, außerdem gehören zwei Vizepräsidenten aus dem kaufmännisch-administrativen Bereich zum Präsidium.
Die zentralen Gremien der Gemeinschaft sind die intern besetzte Mitgliederversammlung und der extern besetzte Senat. Die Mitgliederversammlung besteht aus den Vorständen der Helmholtz-Zentren, den Senat bilden gewählte Vertreter aus Wissenschaft und Wirtschaft sowie Repräsentanten der Zuwendungsgeber und anderer Forschungsorganisationen. Der Senat veranlasst die Bewertung der Forschungsprogramme durch unabhängige, international angesehene Expertinnen und Experten und nimmt deren Ergebnisse entgegen. Auf der Grundlage dieser Bewertungen empfiehlt er den Zuwendungsgebern - also Bund und Ländern - die Höhe der Fördermittel für die einzelnen Forschungsprogramme.