Die 40-Jährige hat in Göttingen, Groningen und Hamburg Rechtswissenschaft studiert und an der Fakultät für Rechtswissenschaft der Universität Hamburg promoviert. Nach dem ersten Staatsexamen war sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Lehrstuhl für Öffentliches Recht und Sozialrecht an der Universität Hamburg tätig. Das Referendariat hat sie am Hanseatischen Oberlandesgericht mit Stationen unter anderem beim Bundesverfassungsgericht und dem Gemeinsamen Bundesausschuss absolviert.
Nach dem zweiten Staatsexamen war Heike S. Krüger zunächst als Referentin beim Wissenschaftlichen Dienst des Schleswig-Holsteinischen Landtages beschäftigt. Ab 2015 war sie Richterin in der Schleswig-Holsteinischen Sozialgerichtsbarkeit.