Als Kanzler trat er seinen Dienst im Oktober 1983 und damit ein Jahr nach Gründung der Hochschule Bremen an. Seitdem hat die Hochschule Bremen eine dynamische Entwicklung genommen, für die die Veränderungen im Bereich Lehre und Studium beispielhaft stehen: Waren bei Henckels Amtsantritt 3.000 Studierende in acht Studiengängen eingeschrieben, gibt es heute 65 Studienangebote für rund 8.000 junge Frauen und Männer.
Fragt man Jürgen-Peter Henckel danach, was ihm in den zurückliegenden Jahren besonders am Herzen lag und wo er die Entwicklung maßgeblich geprägt hat, nennt er das Stichwort Verwaltungsreform: "Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sollten sich als Dienstleister verstehen, die in ihrem Arbeitsalltag mit Kunden zu tun haben. Für eine öffentliche Verwaltung war dies in der Vergangenheit nicht immer selbstverständlich. Ich bin dankbar, dass die Hochschul-Verwaltung erkannt hat, ihr Selbstverständnis zu überdenken und weiterzuentwickeln. Ergebnis ist ein eigenes Leitbild der Verwaltung, das wir bereits vor neun Jahren vorgelegt haben und das in der Republik ohne Beispiel ist. Als nächstes Vorhaben streben wir ein zertifiziertes Qualitätsmanagementsystem an."
Als eine ganz andere Herausforderung stellte sich die Umstellung des Hochschul-Haushaltes auf einen Globalhaushalt dar. "Wir betraten 1994 Neuland - mit allen Risiken und Nebenwirkungen. In der Rückschau darf ich sagen, die Umstellung war ein Gewinn, auch für das Land. Allerdings darf nicht verschwiegen werden, dass die Hauhaltslage der Hochschule Bremen stets ausgesprochen schwierig war. Und daran hat sich bis heute im Kern nichts geändert."
Mitte der 1990-er Jahre stand der Umzug der Hochschule Bremen auf das ehemalige Kasernen-Gelände in Grohn (heute genutzt von Jacobs University) zur Diskussion. "Dass es dazu nicht gekommen ist, müssen wir rückblickend nicht bedauern", erläutert Jürgen-Peter Henckel. "Das Land Bremen hat uns ein umfangreiches Ausbau- und Sanierungsprogramm bewilligt. Neben dem architektonisch ansprechenden Hochschul-Neubau am neuen Standort Flughafenallee 10 - Architekt: Mathias Ungers - gab es Anbauten und Erweiterungen an den Standorten Neustadtswall und Werderstraße." Dass weiter in die Hochschule Bremen investiert wird, belegten die Anfang 2009 neu eröffnete Mensa oder die geplante Sanierung des AB-Gebäudes, so der scheidende Kanzler.
Stichwortartig lassen sich weitere Projekte nennen, deren Förderung Jürgen-Peter Henckel ein ganz besonderes Anliegen waren und sind: dazu zählt er Weiterentwicklung der nautischen Ausbildung, die mögliche Nutzung des Kaba-Gebäudes als weiteren Hochschul-Standort oder die Zukunft des International Graduate Centers.