Thomas Klefoth absolvierte 2005 an der Humboldt-Universität zu Berlin im Studiengang „Agrarwissenschaften“ mit dem Bachelor of Science, 2008 im Master-Studiengang „Fishery Science and Aquaculture“ (Master of Science). Im Anschluss promovierte der 41-Jährige zum Thema: „Angeln, Evolution und Schutz aquatischer Diversität: Die Bedeutung der phänotypischen Variabilität für die Fangbarkeit von Fischen“ (2017).
Thomas Klefoth ist verheiratet und in seiner Freizeit leidenschaftlicher Angler, gern in der Natur und mit Freunden zusammen.