Sein ganzes Berufsleben hat Schäfer der Sparkassenorganisation gewidmet. Im Jahr 1953 begann er seinen Berufsweg als Auszubildender der Kreissparkasse Marburg an der Lahn. Sechs Jahre später wechselte er zur Stadtsparkasse Frankfurt, wo er 1972 zum stellvertretenden Mitglied des Vorstandes ernannt wurde. Beim Hessischen Sparkassen- und Giroverband fungierte er von 1974 bis 1980 als Allgemeiner Vertreter des Geschäftsführenden Präsidenten.
Im Januar 1980 führte ihn sein Berufsweg in den Vorstand der Hessischen Landesbank, der heutigen Helaba Landesbank Hessen-Thüringen, dem er mehr als 18 Jahre lang angehörte. Schäfer zeichnete unter anderem verantwortlich für das Immobiliengeschäft, das Sparkassengeschäft, die Landesbausparkasse und den Aufbau des zweiten Sitzes der Bank in Erfurt. 1993 nahm er die Berufung zum Vorsitzenden des Vorstandes der Landesbank Schleswig-Holstein in Kiel an. Drei Jahre später kehrte Schäfer zur Helaba als deren Vorstandsvorsitzender zurück. In seine Zeit fielen die Vereinbarung einer strategischen Kooperation mit der Bayerischen Landesbank sowie der (Wieder-)Einstieg des Landes Hessen und des Freistaates Thüringen in den Eigentümerkreis der Bank.