Seit 1988 ist Prinz Lobkowicz Mitglied des Malteserordens; zum Präsidenten der Deutschen Assoziation des ältesten geistlichen Ritterordens der Welt wurde er 2006 gewählt. Prinz Lobkowicz war aber zudem zwischen 1995 und bis Ende 2006 Vizepräsident des Malteser Hilfsdienstes, des bedeutendsten Ordenswerkes in Deutschland, und von 1994 bis Ende letzten Jahres Diözesanleiter des Malteser Hilfsdienstes im Erzbistum München und Freising sowie bayerischer Landesbeauftragter.
Gleichzeitig baute Lobkowicz an seinem Wohnort Schloß Maxlrain bei Tuntenhausen eine Spezialitäten-Brauerei auf, die er neben weiteren Gastronomie- und Hotelbetrieben führt. Der sechsfache Familienvater hat in seinem langjährigen Engagement rund ein Drittel seiner Zeit den Maltesern zur Verfügung gestellt. Zu seinen jährlichen Pflicht- und Lieblingsterminen gehört zudem noch die Krankenwallfahrt in das südfranzösische Lourdes. Für diesen weit über das gewöhnliche Maß ehrenamtlicher Tätigkeit hinausreichenden Einsatz ehrt der Bundespräsident jetzt Lobkowicz.