Rund 2,2 Millionen Euro wurden in die Erweiterung investiert, davon stammen rund 900.000 Euro aus dem Regionalprogramm 2000 mit Fördergeldern des Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE). Seit dem Herbst 2005 entstanden ein zweites Robbenbecken mit einer sieben Meter langen Unterwasserverglasung, ein neues Informationsgebäude mit Multivisionsraum, ein Kinder-Sinnestunnel und Bistro im Obergeschoss sowie ein weiteres Seewasserrückhaltebecken. Der Parkplatz wurde komplett erneuert und das bestehende Technik- und Filtergebäude erweitert.
Die Seehundstation Friedrichskoog ist in Schleswig-Holstein die einzige autorisierte Aufnahmestelle für Heuler und verletzte Robben. Sie ist mit ca. 180.000 Besuchern pro Jahr eine etablierte touristische Einrichtung an der Nordsee. Der laufende Betrieb wird allein aus Spenden und Eintrittsgeldern finanziert.
Das Regionalprogramm 2000 bildet in Schleswig-Holstein in der Förderperiode 2000-2006 das Dach für die EU-Förderung nach dem Ziel 2 aus dem Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) und der Infrastrukturförderung aus der Gemeinschaftsaufgabe "Verbesserung der regionalen Wirtschaftsstruktur" sowie zusätzlichen Landesmitteln. Programmziel ist die Förderung von Wachstum, Innovation und Beschäftigung in strukturschwachen Regionen durch Verbesserung der Standortbedingungen und Stärkung der regionalen wirtschaftlichen Potenziale.
Die Europäische Union beteiligt sich mit Fördermitteln in Höhe von ca. 269,6 Millionen EURO am Ziel 2-Programm des Landes Schleswig-Holstein in den Jahren 2000 - 2006. Das Ziel 2 der EU-Strukturfonds fördert die wirtschaftliche und soziale Umstellung der Gebiete mit Strukturproblemen und wird in Schleswig-Holstein aus dem EFRE mit ca. 231,5 Millionen EURO sowie dem Europäischen Sozialfonds (ESF) mit ca. 38,1 Millionen EURO unterstützt.