Nach einer Assistenz bei der Geschäftsführung am Deutschen Nationaltheater Weimar folgte eine Anstellung als Referent in der Kaufmännischen Geschäftsführung der Kulturveranstaltungen des Bundes in Berlin (KBB) GmbH, einem Verbund aus den Berliner Festspielen mit Martin-Gropius-Bau, dem Haus der Kulturen der Welt und den Internationalen Filmfestspielen Berlin. Zur Spielzeit 2008/09 folgte der Wechsel nach Köln. Dort war er zunächst Referent des Geschäftsführers bei den Bühnen der Stadt Köln, im Anschluss daran Betriebsdirektor der Oper Köln.
Seit Beginn der Spielzeit 2013/14 ist Tobias Werner Verwaltungsdirektor und Prokurist der Städtischen Theater Chemnitz. Darüber hinaus ist er Geschäftsführer des Landesverbandes Sachsen des Deutschen Bühnenvereins. Ab der Spielzeit 2016.17 wird er in Gelsenkirchen als neuer Geschäftsführer des Musiktheaters im Revier Herrn Dieter Kükenhöner nachfolgen, der auf eigenen Wunsch in den Ruhestand tritt.