Moore nehmen im Müritz-Nationalpark ca. 8 % der Fläche ein. Viele dieser Moore wurden in den zurückliegenden Jahrzehnten entwässert. Mit Schaffung des Nationalparks begannen umfangreiche Renaturierungsmaßnahmen. Neben der Vermeidung eines weiteren Artenrückgangs dienen diese Bemühungen auch dem Klimaschutz. In intakten Mooren wird pflanzliche Biomasse langfristig als Torf gespeichert. Werden Moore entwässert, wird diese Torfbildung unterbrochen. Entwässerte Moore geben somit Kohlendioxid und andere klimarelevante Gase in die Atmosphäre ab und tragen zum sogenannten Treibhauseffekt bei.
Im Teilgebiet Serrahn des Nationalparks konnte die Wiedervernässung der Moore schon weitgehend abgeschlossen werden. Von 470 ha Moorfläche waren insgesamt 400 ha durch Entwässerung beeinträchtigt. Über 300 ha sind mittlerweile renaturiert.
Im Müritz-Teil konzentrierten sich viele Aktivitäten auf das EU-LIFE-Gebiet rund um den Zotzensee, welches im Jahr 2003 erfolgreich abgeschlossen werden konnte. Im Müritz-Teil stehen noch weitere Anstrengungen zur Renaturierung an.