Bereits bei der letzten Elbvertiefung sind die Folgen unterschätzt worden. Dazu gehören Veränderungen der Strömungsgeschwindigkeit, des Tidenhubs, Auswirkungen auf den Sauerstoffgehalt des Flusses und die Verschlickung von Häfen und Nebenarmen. Bonkwald: „Abschließend lassen sich die Schäden erst 2014 bewerten, denn bis dahin läuft die Beweissicherung der letzten Fahrrinnenvertiefung noch. Jetzt ein weiteres Mal in das komplexe System Elbe einzugreifen wäre geradezu fahrlässig.“
Darüber hinaus kritisiert der NABU, dass der ökologische Ausgleich der letzten Fahrrinnenanpassung ist noch nicht vollständig umgesetzt ist. Dabei müssen nach Ansicht des NABU die Ausgleichsmaßnahmen eigentlich vor dem Eingriff erfolgen.
„Wir sind erstaunt, dass der Wirtschafts- und nicht der Umweltsenator über ökologische Folgen informiert“ stellt Bonkwald fest. Für den NABU ein Zeichen für den geringen Stellenwert des Naturschutzes in der Stadt Hamburg.