Der Masterstudiengang Medizintechnik wurde an den Anforderungen des Marktes ausgerichtet. Eine Umfrage unter führenden Industrieunternehmen der Medizintechnik und Kliniken ergab eine durchweg positive Bewertung des neuen Studiengangs. Das Master-Studium Medizintechnik vermittelt die Fähigkeit, in international tätigen Unternehmen mit Forschung, Entwicklung, Produktion und Service in der Medizintechnik Aufgaben mit Führungsverantwortung in verschiedenen Tätigkeitsbereichen zu übernehmen. Zu diesen zählen etwa Entwicklungs- und Innovationsmanagement, Systementwicklung und Medizintechnikmanagement, IT- und bildgebende Verfahren, Entwicklung und Forschung in der Medizintechnik, simulationsbasierte Entwicklungsprozesse, Diagnostik, Prozess- und Qualitätsmanagement. Die Absolventinnen und Absolventen sind damit in der Lage, eine herausgehobene berufliche Verantwortung zu übernehmen, komplexe Aufgabenstellungen zu leiten und die fachliche Entwicklung von Teammitgliedern gezielt zu fördern. Zudem erstreckt sich die Qualifikation im Master Medizintechnik auf anwendungs- oder forschungsorientierte Aufgaben und Projekte.
Der 3-semestrige Studiengang ist modular aufgebaut. Er umfasst zwei Studiensemester, in denen Schwerpunkte der Medizintechnik vertieft werden, und schließt mit einer Masterarbeit im dritten Semester ab. Schwerpunkte sind "Technologie und Systeme", angeboten am Hochschulstandort Weiden, und "Forschung und Entwicklung" am Standort Regensburg. Das Studium umfasst insgesamt 90 ECTS-Punkte, und schließt mit dem Master of Science (M. Sc.) ab.
Zulassungsvoraussetzung ist ein erfolgreich abgeschlossenes, mindestens sechs theoretische Studiensemester umfassendes Hochschulstudium in einem einschlägigen Studiengang, oder ein gleichwertiger in- oder ausländischer Abschluss, dessen Umfang in der Regel 210 ECTS-Credits, mindestens jedoch 180 Credits, umfasst. Als einschlägig gelten Studiengänge, die auf Grundlagen der Ingenieur- und Naturwissenschaft aufbauen, z. B. Biomedical Engineering, Medizintechnik oder Medizinische Physik. So hat der Bachelor-Studiengang Medizintechnik an der OTH Amberg-Weiden das Akkreditierungsverfahren erfolgreich durchlaufen. Die Anmeldung für diesen Bachelor-Studiengang ist ebenso seit dem 1. Mai 2014 an der OTH Amberg-Weiden möglich.