Aktuell wurden bei mehreren Impfungen Anwendungshinweise geändert oder Empfehlungen präzisiert. Dies betrifft insbesondere die Schutzimpfungen gegen Masern, Mumps, Röteln (MMR), Hepatitis A, Hepatitis B, Meningokokken, Pneumokokken und FSME. Bereits im März 2007 empfahl die STIKO die Impfung aller 12 bis 17 Jahre alten Mädchen gegen Humane Papillomaviren (HPV), die Gebärmutterhalskrebs verursachen können. Die ausführliche Begründung der STIKO zur HPV-Impfung ist im Epidemiologischen Bulletin 12/2007 veröffentlicht worden. Die Impfung ersetzt nicht die Krebs-Früherkennungsmaßnahmen, da sie nicht gegen alle HPV-Typen schützt, die einen Tumor verursachen können. Die STIKO weist in ihren Empfehlungen auch darauf hin, dass die Impfung gegen HPV als Gelegenheit genutzt werden sollte, den Impfschutz zu vervollständigen und die für Jugendliche empfohlenen Auffrischungsimpfungen zu geben, etwa gegen Keuchhusten oder Kinderlähmung.
Bezüglich der Masern-Impfung hat die STIKO den Kreis derjenigen erweitert, die im Zusammenhang mit einem beruflichen Erkrankungsrisiko geimpft werden sollten, sofern sie nicht aufgrund einer durchgemachten Masernerkrankung geschützt sind. Empfohlen wird die Impfung nun für Beschäftigte aller Fachrichtungen des Gesundheitswesens mit Kontakt zu Patienten und in allen Gemeinschaftseinrichtungen, zum Beispiel Schulen und Kinderheime. Die STIKO berücksichtigt damit die Erfahrungen aus den großen Masernausbrüchen der vergangenen Jahre, unter anderem 2006 in Nordrhein-Westfalen. Dabei waren häufiger als früher ältere Kinder, Jugendliche sowie Erwachsene erkrankt. Die STIKO betont die Notwendigkeit von Impfungen nach Kontakt zu Masernkranken und erweitert die Impfempfehlung auf alle Kontaktpersonen, die nicht oder nur einmal geimpft sind oder deren Immunstatus unklar ist.
Im Jahr 1995 hat die STIKO die generelle Impfung gegen Hepatitis B für alle Säuglinge, Kinder und Jugendliche ausgesprochen. Die wissenschaftlichen Erkenntnisse zur Dauer des Infektionsschutzes und zum Schutz vor Erkrankung begründen derzeit keine generelle Wiederimpfung aller Säuglinge, Kinder und Jugendlichen. Wiederimpfungen sind unverändert für bestimmte Risikopersonen empfohlen.
Versicherte der Gesetzlichen Krankenversicherung werden aufgrund des am 1. April 2007 in Kraft getretenen GKV-Wettbewerbsstärkungsgesetzes künftig Anspruch auf Leistungen für Schutzimpfungen haben (zuvor war die Kostenübernahme durch die Kassen freiwillig). Voraussetzung ist, dass die Impfungen in der Schutzimpfungs-Richtlinie des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA) aufgeführt sind. Im G-BA-Beschluss von Ende Juni 2007 wurden die seit Juli 2006 bestehenden STIKO-Empfehlungen, einschließlich der im März ausgesprochenen Impfempfehlung gegen HPV, bis auf geringfügige Abweichungen vollständig berücksichtigt. Der Beschluss wurde dem Bundesministerium für Gesundheit zur Prüfung vorgelegt und tritt nach Nichtbeanstandung und Bekanntmachung im Bundesanzeiger in Kraft. Über die aktuellen Empfehlungen muss der G-BA innerhalb von drei Monaten entscheiden.