Kleintiere Schweiz, die Dachorganisation der Kleintierzücher, zeichnet vorbildliche Tierhaltung aus. Bisher wurden nur Zertifizierer im Rahmen ihrer Ausbildung geprüft. Der Ballenberg ist die erste externe, national bekannte Organisation, die ihre Tierhaltung im Kleintierbereich zertifizieren lässt. Bei einer erfolgreichen Durchführung erhält das Freilichtmuseum das “Zertifikat für vorbildliche Kleintierhaltung der Kleintiere Schweiz“.
Das Freilichtmuseum Ballenberg erreicht mit einer freiwilligen Kleintier-Zertifizierung Anerkennung in der Öffentlichkeit und gibt dem Museumsbesucher Vertrauen, dass er einen Ort besucht, in dem Tierhaltung auf höchstem Niveau stattfindet.
Am Mittwoch, dem 8. August 2007 lässt der Ballenberg seine Kleintierhaltung in allen Sparten zertifizieren. Experten begutachten an diesem Tag die Kleintierhaltung von Kaninchen, Hühnern, Tauben, Enten, Gänsen, Truten, Tauben und Ziervögeln. Zertifizierer und Kleintierverantwortliche gehen von Kleintierstallung zu Kleintierstallung und überprüfen die Vorgaben der Anforderungen. Es werden Stallungen vermessen, Lichtverhältnisse gemessen (Lux), die Sauberkeit überprüft, die Tiergesundheit und der Tierzustand angesehen, Rückzugsmöglichkeiten, Nageobjekte geprüft usw. Zum Schluss hat jeder Tierbetreuer noch persönlich Fragen zur Tierhaltung zu beantworten. Auf Grund der Stallkontrollen und der Befragung stellt der Zertifizierer fest, ob ein Antrag zur Erteilung des Zertifikats an die Zertifizierungskommission gestellt werden kann oder eine Ablehnung als Antrag erfolgt. Die Zertifizierungskommission erteilt das Zertifikat endgültig für die Dauer von drei Jahren. Eine Vertreterin des BVET (Bundesamt für Veterinärwesen) wird diese Zertifizierung begleiten.