Im Gegensatz zu vielen anderen Malediven-Inseln bietet Villingili nicht nur makellose Sandstrände und glasklares Wasser, sondern auch eine abwechslungsreiche Naturlandschaft: 12 Hektar üppiger Laubwald, hochaufragende, alte Bengalische Feigenbäume, 17.000 Kokospalmen und drei natürliche Lagunen. Villingili ist die Heimat von 45 Pflanzenarten, darunter auch von Noni-Bäumen, deren Früchte unter anderem bei Arthritis und Hypertonie lindernde Wirkung haben sollen. Dazu ist die Insel von einer lebhaften einheimischen Vogelwelt bevölkert.
Naturliebhaber können auf den geführten Spaziergängen mehr über Flora und Fauna erfahren oder die Naturlehrpfade auf eigene Faust, bewaffnet mit einem Picknick-Korb, erkunden. Das Resort stellt ihnen dafür Landkarten zur Verfügung, außerdem können sie unterwegs auf Informationstafeln mehr über die tropische Vegetation erfahren. Für das Picknick empfehlen sich die Lagunen, die aufgrund der natürlichen Gegebenheiten rot, blau oder grün schillern.
Die 142 Villen von Shangri-La's Villingili Resort and Spa werden über die Insel verstreut und über dem Wasser gebaut. Dazu gehören auch Baumhäuser mit privaten Pools auf gleicher Ebene. Die ersten Villen dieser Art auf den Malediven befinden sich auf drei Meter hohen Stelzen, eingebettet im Laubwerk.