Die vorwiegende Aufgabe bestand zunächst darin, die in Kriegszeiten in die westlichen Länder ausgelagerten Kulturgüter zurück nach Berlin zu holen und Bauten in Westberlin herzurichten oder neu zu bauen, in denen sie untergebracht und öffentlich zugänglich gemacht werden konnten. Die bedeutendsten historischen Gebäude (Museumsinsel, Staatsbibliothek Unter den Linden) befanden sich im Osten der geteilten Stadt. So waren neue kulturelle Zentren im Westen zu schaffen. Die Etappen sind: der Ausbau des Museumskomplexes Dahlem, die Mitgestaltung am Kulturforum mit der Neuen Nationalgalerie (1968), dem Ibero-Amerikanischem Institut (1977), der Staatsbibliothek (1978), dem Musikinstrumenten-Museum (1984) und den Museen der europäischen Kunst (ab 1985), dann das Zentrum um das Schloss Charlottenburg mit den archäologischen Sammlungen und der Galerie der Romantik (1986).
Am wirkungsvollsten beeinflusste die Wiedervereinigung die Dynamik der Entwicklung. Der Einigungsvertrag der beiden deutschen Staaten sah vor, dass der Stiftung – zunächst vorläufig - die östlichen, bisher von der DDR verwalteten Sammlungen und Häuser der Stiftung übertragen werden. Die weiteren Schritte waren der Beitritt der neuen Länder zum Finanzierungsabkommen der Stiftung (1992) und die Einigung auf ein neues, unbefristetes Abkommen über die Finanzierung durch Bund und alle sechzehn Länder (1996). Die Aufgabe war nun, neben der institutionellen Verschmelzung, klar profilierte Museumsquartiere mit den Häusern und den zusammengeführten Sammlungen zu konzipieren und zu realisieren, eine Aufgabe, die die Arbeit der Stiftung bis heute bestimmt. Im Wesentlichen sind dies: die Museumsinsel (seit 1999 Unesco-Weltkulturerbe) mit der Kunst und Kultur Europas von ihren Wurzeln bis zum 19. Jahrhundert, dann das Humboldt-Forum auf dem Schlossplatz mit den außereuropäischen Kulturen und das Kulturforum als Ort der Moderne und Zentrum für Mode und Design. Für die Staatsbibliothek ist ein schlüssiges Konzept für eine Bibliothek in zwei Häusern zu realisieren. Verbunden mit all dem ist ein umfangreiches Bauprogramm mit der Sanierung, Wiederherstellung und technischen Neuausstattung historischer Gebäude (insbes. Museumsinsel, Staatsbibliothek Unter den Linden) sowie der Errichtung von Neubauten (James Simon-Galerie, Museumshöfe, Speicherstadt Friedrichshagen). Darüber hinaus sind die Sammlungen weiter auszubauen, insbesondere in Bezug auf die Kunst und Kultur unserer Tage (Hamburger Bahnhof – Museum für Gegenwart, Museum für Fotografie).
Internationale Kooperationen und Aufsehen erregende Ausstellungen, die unter dem Namen Metropolenprogramm der Stiftung gefasst sind, verstärken den kulturellen Auftritt Deutschlands im Ausland in zunehmendem Maße („faRAón“ in Mexico City, „Visions of the Divine“ in Tokio und Kobe, „Deuses Gregos“ in São Paulo, „Solidarność 1830“ in Warschau). Mit dem Föderalen Programm wiederum intensiviert die Stiftung ihre Zusammenarbeit mit Institutionen in den einzelnen Bundesländern (langfristige Leihgaben, fertig kuratierte Ausstellungen, Filialgalerien). Bei all dem ist die wissenschaftliche Kompetenz von zentraler Bedeutung, die auf der Erforschung der Sammlungsbestände basiert. Aus ihr erwächst die für die Bildungs- und Vermittlungsarbeit entscheidende Dynamik und Aussagekraft.
Fünf Einrichtungen sind unter dem Dach der Stiftung zusammengefasst: die Staatlichen Museen zu Berlin, die Staatsbibliothek zu Berlin, das Geheime Staatsarchiv Preußischer Kulturbesitz, das Ibero-Amerikanische Institut und das Staatliche Institut für Musikforschung mit dem Musikinstrumenten-Museum. Sie bilden einen Sammlungskosmos der Bild- und Textkultur, der von den Ursprüngen kultureller Entwicklung bis zur zeitgenössischen Kunst reicht und alle Regionen der Erde umfasst. Heute ist die Stiftung eine der größten Kulturinstitutionen weltweit.
Klaus-Dieter Lehmann erklärt dazu: „Die ereignisreiche Geschichte der Stiftung hat gezeigt, welch tragfähige Basis mit dem vor fünfzig Jahren beschlossenen Gesetz geschaffen wurde. Die gesamtstaatliche Ausrichtung der Stiftung ist mehr denn je ein Modell für die Zukunft.“