Prof. Knothe arbeitet seit fast 25 Jahren am IPK. In seinem Verantwortungsbereich werden Methoden, Technologien und Werkzeuge zur Analyse, Gestaltung, Einführung und Betrieb von Prozessen und deren Management insbesondere für die fertigende Industrie entwickelt.Dadurch entstanden sehr intensive Kontakte zur Wirtschaft und zu anderen wissenschaftlichen Einrichtungen.
Seit mehreren Jahren ist Prof. Knothe an der TH Wildau als Lehrbeauftragter tätig. Im Studiengang Automatisierungstechnik lehrt er die Fächer Systemanalyse, Produktionsorganisation und Cyberphysische Produktionssysteme. Darüber hinaus ist Prof. Knothe Vorstandsvorsitzender des „Deutschen Forums für Interoperabilität“, das sich mit der Standardisierung von Industrie-4.0-Komponenten befasst.