Der Bericht würdigt die Wettbewerbsfähigkeit und internationale Reputation der klinischen Forschung und die hervorragenden Auswirkungen auf Lehre und Doktorandenbetreuung am Klinikum. Insbesondere im Bereich der Sepsis und der Diagnose und Behandlung von Infektionen gibt es große Erfolge bei der Einwerbung umfangreicher Mittel von Bund und EU. Positiv bewertet wird auch die gute Vernetzung der Forschung am Universitätsklinikum mit den außeruniversitären Instituten in Jena und die in hier beabsichtigte Profilierung in der Altersforschung.
Thüringens Staatssekretär für Bildung, Wissenschaft und Kultur, Prof. Dr. Thomas Deufel, sieht in dem Bericht eine Bestätigung für die hohe Qualität der Universitätsmedizin in Thüringen: "Am Universitätsklinikums Jena findet Krankenversorgung auf hohem Niveau statt als Voraussetzung für gute Lehre und erfolgreiche Wissenschaft, die uns hier bestätigt wird. Die Empfehlung des Wissenschaftsrates zeigt uns, dass wir auf dem richtigen Weg sind, sie sagt aber auch, dass unsere Anstrengungen nicht nachlassen dürfen."
Die vom Wissenschaftsrat besonders gewürdigte Sepsisforschung mit dem neu vom Bund eingeworbenen Center for Sepsis Care and Control (CSCC) wird mit Landesmitteln zusätzlich unterstützt. Die Spitzenstellung des Universitätsklinikums auf diesem Feld wurde bereits im vergangenen Jahr deutlich, als der Jenaer Sepsisspezialist Prof. Dr. Konrad Reinhart mit dem Thüringer Forschungspreis ausgezeichnet wurde.
Der Haushaltsentwurf der Landesregierung für 2010 sieht insgesamt eine weitere Stärkung des Hochschulbereichs vor. So stehen in diesem Jahr insgesamt 385,9 Millionen Euro zur Verfügung. Das sind rund 41 Millionen Euro mehr als 2009