Die erste Ausschreibung dieses Programms Ende 2006 fand bei den Hochschulen starke Resonanz. Insgesamt gingen 56 Anträge ein, die von einer Gutachtergruppe unter dem Gesichtspunkt der wissenschaftlichen Exzellenz bewertet wurden. Auf der Grundlage der Empfehlungen dieser Gutachtergruppe wurden insgesamt 21 Anträge in die Förderung aufgenommen. Gefördert werden 14 Doktoranden, vier Postdoktoranden und drei Juniorprofessuren, wobei die Zahl sich noch auf vier erhöhen kann, wenn eine veranlasste Nachbegutachtung erfolgreich ausfällt. Entsprechend den Vorgaben des Stifters beschränkt sich die Fördertätigkeit der Carl-Zeiss-Stiftung auf die Bundesländer, in denen die Stiftung oder die Stiftungsunternehmen ihren Sitz haben. Das sind Baden-Württemberg, Rheinland-Pfalz und Thüringen. Thematisch konzentriert sich die Förderung auf den Bereich der Natur- und Ingenieurwissenschaften.
Zum Wintersemester 2007/2008 ist die Ausschreibung einer weiteren Runde des Nachwuchsförderprogramms mit vergleichbarem Fördervolumen vorgesehen. Teilnehmen können wiederum aus Thüringen die Hochschulen in Jena, Ilmenau und Schmalkalden, aus Baden-Württemberg die Hochschulen aus Tübingen, Hohenheim, Konstanz, Aalen, Karlsruhe, Stuttgart und Ulm sowie aus Rheinland-Pfalz die Hochschulen in Kaiserslautern und Mainz.
Die Carl-Zeiss-Stiftung mit Sitz in Heidenheim an der Brenz und Jena ist die alleinige Eigentümerin der Carl-Zeiss-Gruppe und der Schott-Gruppe. Sie wurde 1889 durch Ernst Abbe gegründet. Ihre Existenz war immer eng mit der Geschichte der Unternehmen Carl Zeiss und Schott verbunden. Im Jahr 2004 wurden die beiden Stiftungsunternehmen in Aktiengesellschaften umgewandelt. Die Carl-Zeiss-Stiftung ist zu 100 Prozent Alleininhaberin der Aktien der Stiftungsunternehmen. In der Zeit nach der Stiftungsreform konnte die Ertragskraft der Stiftungsunternehmen spürbar gesteigert werden, was der Stiftung die Möglichkeit gegeben hat, dieses Programm zur Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses auszuschreiben.