Lange bevor das Thema Klimawandel ernsthaft diskutiert wurde und die Endlichkeit von Mineralöl selbst von Ölmultis nicht mehr in Jahrhunderten, sondern in Jahrzehnten gerechnet wird, hat sich Karl Eigen mit ganzer Kraft für den Aufbau einer deutschen Biokraftstoffproduktion eingesetzt. In der Etablierung von Biodiesel als regenerativem Kraftstoff, der in konventioneller Motorentechnik eingesetzt werden kann, sah er eine große Chance für Landwirte, Umwelt und Gesellschaft. Heute wissen wir, dass seine Vision vom Landwirt als Energiewirt Realität geworden ist. Wer den ehemaligen Landwirt aus Kleinparin vor den Toren Lübecks kennt, der weiß, dass er auch mit 80 Jahren noch dafür kämpft, dass die aktuelle Diskussion über die weitere Besteuerung von Biokraftstoffen nicht zu einer ernsthaften Gefahr für die weitere Entwicklung der deutschen Biokraftstoffwirtschaft führt.
Für die Umsetzung seiner Vision hat Karl Eigen Anfang der 90er Jahre zwei Organisationen initiiert, die maßgeblich an der Entwicklung von nachwachsenden Rohstoffen im Allgemeinen und Biokraftstoffen im Speziellen beteiligt waren. Gemeinsam mit Dietrich Brauer als Vertreter der Deutschen Pflanzenzüchter gründete Eigen als Repräsentant des Deutschen Bauernverbandes die Union zur Förderung von Oel- und Proteinpflanzen e. V. (UFOP), deren erster Vorsitzender er über lange Jahre war und deren Ehrenvorsitzender er heute ist. Innerhalb weniger Jahre machte Eigen die UFOP zu einer anerkannten Interessenvertretung in Deutschland und in Europa, die bis heute Motor der gesamten Biodieselentwicklung in Deutschland ist. Auch an der Gründung der Fachagentur Nachwachsende Rohstoffe e. V. (FNR), einem Projektträger des Bundeslandwirtschaftsministeriums, war Karl Eigen beteiligt. Dort war er ebenfalls über Jahre erster Vorsitzender und konnte so die nationale Forschung im Bereich nachwachsender Rohstoffe sowie deren Markteinführung wesentlich fördern.
Bei so viel Engagement und Erfolg blieben Ehrungen nicht aus. So ist Karl Eigen Träger des Großen Verdienstkreuzes mit Stern des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland.