Bislang hatte die DEHSt die Anpassung der Zuteilungsmengen wegen des laufenden Verfahrens vor dem Europäischen Gericht erster Instanz nicht vollzogen. Die betroffenen Unternehmen müssen ihren Mitteilungspflichten auch im Januar und März 2008 nachkommen. Sonst drohen gegebenenfalls Geldbußen.
Die EU-Kommission meinte, die Ex-Post-Regelungen im deutschen Zuteilungsgesetz verstießen gegen das Europarecht. Die Reglungen griffen in den Markt ein und stören die Planungssicherheit der Unternehmen. Daher hatte die Kommission im deutschen sowie zwölf weiteren Nationalen Allokationsplänen der ersten Zuteilungsperiode 2004-2007 die "Ex-Post-Anpassungen" untersagt.
Im September 2004 klagte die Bundesrepublik Deutschland gegen diese Entscheidung der Kommission beim Europäischen Gericht erster Instanz. Diese Klage hatte nun Erfolg. Der EuG stellte fest: Die Emissionshandelsrichtlinie untersagt es den Mitgliedstaaten nicht, durch Ex-Post-Anpassungen einer "Überallokation" entgegenzutreten – also einer zu hohen Ausstattung der Anlagenbetreiber mit Emissionsberechtigungen. Die Richtlinie erfordere sogar, Zuteilungsentscheidungen zu widerrufen, die auf fehlerhaften Angaben beruhen. Außerdem dürfe die Kommission den Mitgliedstaaten nicht verwehren, Emissionszertifikate dort wieder einzuziehen, wo sie ihren Zweck verfehlen. Die Mitgliedsstaaten leisteten so einen zusätzlichen Beitrag zum Klimaschutz.