Wirkstoffe mit besonders bedenklichen Eigenschaften sind zukünftig in Pflanzenschutzmitteln generell nicht mehr zulassungsfähig. Darunter sind auch Stoffe, die für die Umwelt besonders gefährlich sind: Neben den international geächteten POP-Stoffen gilt dies für Stoffe, die sich in der Umwelt nur sehr schwer abbauen, sich in Lebewesen und damit in der Nahrungskette anreichern und gleichzeitig (umwelt-)giftig sind (sogenannte PBT-Stoffe - persistent, bioakkumulierend und toxisch). Auch Stoffe, die Krebs auslösen und solche, die das Hormonsystem oder das Erbgut von Menschen und Tieren schädigen können, werden zukünftig grundsätzlich verboten. Um die neuen Regelungen in der Praxis anwenden zu können, entwickelt nun das Umweltbundesamt gemeinsam mit seinen Schwesterbehörden in den anderen EU-Staaten geeignete Prüf- und Bewertungsmethoden. Jochen Flasbarth: "Es geht darum, die Spreu vom Weizen zu trennen. Wir müssen sicherstellen, dass die Kriterien so ausgestaltet werden, dass ein Verbot auch tatsächlich diejenigen Stoffe trifft, die in der Umwelt Schäden verursachen können. Vor allem bei den hormonsystemstörenden Stoffen fehlt uns noch das Werkzeug, um die Verbotsnorm auch anwenden zu können."
Die neue Rahmenrichtlinie über den nachhaltigen Gebrauch von Pestiziden geht hingegen gezielt solche durch Pflanzenschutzmittel verursachte Umweltprobleme an, die nicht über ein Zulassungsverfahren geregelt werden können: So wenden viele Landwirte in Europa noch immer deutlich mehr Pflanzenschutzmittel an, als für eine erfolgreiche Ernte eigentlich nötig wäre. Auch Verstöße gegen Umweltauflagen treten noch zu häufig auf. Ein weiteres Problem ergibt sich direkt aus der Bekämpfung von Ackerbegleitkräutern und Schadinsekten: Feldvogelarten wie das Rebhuhn oder die Feldlerche finden nicht mehr genügend Nahrung, um ihre Jungen zu versorgen. Die Richtlinie verpflichtet nun die Mitgliedstaaten, die notwendigen Voraussetzungen zu schaffen, damit die Landwirte nach Methoden arbeiten können, die mit weniger Pflanzenschutzmitteln auskommen. Hierzu zählt neben der ökologischen Landwirtschaft auch der sogenannte integrierte Pflanzenschutz. Auch das Sprühen vom Flugzeug oder Hubschrauber aus wird, abgesehen von begrenzten Ausnahmen, verboten. In einem Nationalen Aktionsplan (NAP) muss jeder EG-Mitgliedsstaat künftig konkrete Ziele, Maßnahmen und Zeitpläne festlegen, um die mit der Anwendung von Pflanzenschutzmitteln verbundenen Risiken und Auswirkungen auf Mensch und Umwelt zu verringern. Dazu kann auch das Anlegen von Schutzstreifen entlang von Gewässern zählen, um den Eintrag von Pflanzenschutzmitteln zu verringern. Das Umweltbundesamt setzt sich außerdem dafür ein, dass dort, wo der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln unvermeidbar ist, geeignete Ausgleichsmaßnahmen ergriffen werden, damit die für unsere Agrarlandschaft typischen Vogel- und Säugerarten nicht in ihrem Bestand gefährdet werden.
Damit die Richtlinie erfolgreich umgesetzt werden kann, müssen die zum Schutz der Umwelt notwendigen Ziele und Maßnahmen in Nationalen Aktionsplänen und den gesetzlichen Regelungen konkret benannt werden. Jochen Flasbarth hierzu: "Wir dürfen es nicht bei Appellen und Empfehlungen belassen, sondern müssen die Anforderungen klar beschreiben und verbindliche Ziele setzen, damit der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln auf das notwendige Mindestmaß reduziert wird." Das Umweltbundesamt gestaltet diesen Umsetzungsprozess aktiv mit.
Die neuen Regularien zum Pflanzenschutz sind seit dem 24. November 2009 im Amtsblatt der EU veröffentlicht.