Der gesamte Zugverkehr wird über die jeweils offene Strecke geleitet. Da aber eine Strecke nicht alle Züge aufnehmen kann, werden insgesamt etwa 180 Züge (S-Bahnen, Schwarzwaldbahn, Güterzüge) täglich entfallen. Damit über die jeweils eine offene Strecke dennoch möglichst viele Züge fahren können, werden alle Züge mit der gleichen Geschwindigkeit, nämlich 100 Stundenkilometern, fahren.
Die Streckensperrungen haben auch Auswirkungen auf den Stadtbahnbetrieb. Während die stündlich verkehrende S4 von Karlsruhe nach Achern und zurück sowie die stündlich verkehrende S41 nach Freudenstadt (und bis nach Eutingen im Gäu) normal verkehren werden, entfällt der zweistündlich verkehrende Eilzug von Karlsruhe nach Freudenstadt - aber nur zwischen Karlsruhe und Rastatt. Allerdings beginnen und enden die S4 und die S41 im Karlsruher Hauptbahnhof, so dass die Stadtdurchfahrt entfällt. Die S4 aus Richtung Heilbronn endet im Albtalbahnhof. Reisende in Richtung Süden können zwischen Karlsruhe und Rastatt die Schwarzwaldbahn benutzen und in Rastatt umsteigen.
Komplett entfallen wird die S31/32 zwischen Rastatt und Karlsruhe Hauptbahnhof. Die Stadtbahnen aus beziehungsweise in Richtung Norden beginnen und enden im Karlsruher Hauptbahnhof. In Richtung Süden wird stattdessen ein Schienenersatzverkehr eingerichtet.
Der genaue Fahrplan auf der Schiene sowie der Fahrplan des Schienenersatzverkehrs wird im Moment erarbeitet. Die Fahrpläne werden im Herbst 2008 vorliegen.