Schimmelpilze können für den Menschen von Nutzen sein, z. B. bei der Herstellung von bestimmten Käsesorten, wie Camembert und Roquefort. Sie können aber auch in der Lage sein, die Gesundheit zu schädigen, indem sie äußerst giftige Substanzen, die so genannten Mykotoxine, bilden. Die Menge des gebildeten Toxins kann schwanken und ist nicht abhängig vom sichtbaren Wachstum des Pilzes, d.h. ein stark gewachsener Pilz muss nicht unbedingt mehr Toxinmengen bilden als kleinere Pilze. Mykotoxine können im feuchten Lebensmittel wandern. Umso schneller, je höher dessen Wassergehalt ist. Die Pilzgifte sind sehr stabil. Sie lassen sich weder durch Erhitzen noch durch andere Verfahren, wie Säuern, Trocknen oder Einfrieren entfernen.
Das Hauptproblem ist die Gesundheitsschädigung bei langzeitiger regelmäßiger Aufnahme geringer Mengen. Dadurch wächst die Wahrscheinlichkeit von Leber- oder Nierenschädigungen. Daher gilt: angefaultes Obst, befallenes Brot sowie Getreide und Gewürze bei „Klumpenbildung“ durch Schimmelnester sind zu entsorgen. Nüsse sollten vor dem Essen immer kontrolliert werden. Verfärbte oder verschimmelte Kerne oder Schalen sofort aussortieren. Bitter, ranzig oder kratzig schmeckende Nüsse sind ebenfalls unbedingt wegzuwerfen. Hat Hartkäse im Stück eine kleine Schimmelstelle, reicht es, die befallene Stelle großzügig herauszuschneiden. Sind feste Konfitüren mit einem hohen Zuckeranteil von über 60% mit kleinen Schimmelstellen versehen, können diese zusammen mit einer dicken Fruchtschicht entfernt werden. Konfitüren oder Fruchtaufstriche mit geringerem Zuckergehalt, z. B. mit Süßstoffen oder Zuckeraustauschstoffen, wie Diabetikerkonfitüren, müssen weggeworfen werden. Richtiges Lagern, Hygiene und sorgfältiger Einkauf kann den Schimmelbefall der Lebensmittel eindämmen.
Die Verbraucherzentrale Sachsen empfiehlt daher, empfindliche Lebensmittel in kleinen Mengen möglichst frisch zu kaufen und bald zu verbrauchen.
Gewürze sollten nicht jahrelang aufgehoben werden, lieber kleinere Mengen kaufen und schneller verbrauchen.
Nahrungsmittel am besten sauber, kühl und trocken lagern. Für Brotkästen gilt: öfter reinigen, mit Essigwasser auswischen, denn Krümel fördern Schimmelbildung.
Verschimmelte Lebensmittel sollten sofort entsorgt werden. Auf keinen Fall sollten diese länger offen herumliegen.