Mit der Berufung des ersten klassischen Archäologen an die Universität Münster im Jahr 1883 wurde die Sammlung des Archäologischen Museums in Münster begründet und erstmals 1906 der Öffentlichkeit präsentiert. Als Grundstock für die Erwerbungen standen damals 15.000 Goldmark zur Verfügung, eine für damalige Verhältnisse gewaltige Summe. Das aufblühende Museum fiel dann mit seinen gesamten Beständen 1944 bei der Bombardierung Münsters in Schutt und Asche.
Der Neuanfang begann Ende der 50er Jahre. Mit Unterstützung des Förderkreises der WWU konnten 1964 als Grundstock große Teile der Sammlung des Archäologen Otto Rubensohn erworben werden. Kurze Zeit später folgte die Übernahme von Gipsabgüssen zahlreicher Skulpturen aus dem Zeusheiligtum von Olympia im Folkwang-Museum Essen.
Der Zuwachs der Originalsammlung durch weitere Erwerbungen, Stiftungen und Übernahmen erfuhr in den 80er Jahren ungeahnte Dimensionen, die auch eine räumliche Erweiterung notwendig machte. Seit 1993 steht dem Museum im Foyer des Fürstenberghauses mit dem "Lothar-Zelz-Saal" ein neuer Ausstellungsraum zur Verfügung.
Wichtiges Anliegen des Museums ist seit der Gründung die Vermittlung eines Einblicks in Gegenstand und Methoden der Klassischen Archäologie für ein breiteres Publikum. Obwohl die Sammlung bereits seit vierzig Jahren öffentlich zugänglich ist, waren die Möglichkeiten für Museumsdirektor Prof. Dr. Dieter Salzmann und Kustos Dr. Helge Nieswandt in den vergangenen Jahren durch unzureichende Räumlichkeiten stark eingeschränkt. Auch mit Unterstützung des Förderkreises der Universität ist es nun gelungen, die im Rahmen der Grundsanierung des Fürstenberghauses in Angriff genommene räumliche Erweiterung des Museums mit der Ausstattung durch neue Vitrinen und eine in neuem Design entworfene Präsentationstechnik zu vollenden.
Heute beherbergt das Archäologische Museum der WWU Münster die in ganz Westfalen größte Originalsammlung von Artefakten und Münzen der antiken Mittelmeerkulturen. Ergänzt wird sie von einer Abgusssammlung griechischer und römischer Marmor-, Terrakotta- und Bronzeskulpturen und einer in Deutschland einmaligen Serie von Architekturmodellen antiker Stätten. Damit ist es nach dem Urteil von Dr. Helge Nieswandt innerhalb der Antikenmuseen von "unvergleichbarer Vielfalt und somit einzigartig". Für Rektorin Prof. Dr. Ursula Nelles ist das Museum ein "reizvolles Schaufenster"
der Universität in der münsterschen Innenstadt, das der Öffentlichkeit gemeinsam mit weiteren Universitätsmuseen in unmittelbarer Nachbarschaft, wie dem Bibelmuseum oder dem künftigen Geo-Museum an der Pferdegasse, auch einen Einblick in die exzellente Forschung an der WWU Münster ermögliche.