1984 übernahm Prof. Johanek, der 1985 auf den Lehrstuhl für Westfälische Landesgeschichte des Historischen Seminars der Universität Münster berufen wurde, die wissenschaftliche Leitung des Instituts. Seit dieser Zeit entwickelte er die Projekte der Grundlagenforschung, die bereits bei der Gründung des Instituts 1970 durch Prof. Dr. Heinz Stoob initiiert worden waren, zu deutschland- und europaweiten Referenzprojekten mit Vorbildcharakter. Darüber hinaus siedelte er zahlreiche Drittmittelprojekte an, die das Institut zu einer Kommunikationsstelle und Plattform der deutschen und europäischen Städteforschung haben werden lassen und verankerte das Institut fest in der internationalen Forschungslandschaft.
Gemeinsam mit dem Verwaltungsvorstand des Instituts, Josef Sudbrock, vollzog er die Umwandlung des Instituts in eine gemeinnützige GmbH mit breiter kommunaler und wissenschaftlicher Trägerkonstruktion.
Damit einhergehend bezog das Institut ein neues und modernes Domizil an der münsterschen Königsstraße 46 im ehemaligen Beverfoerdeschen Hof. Neuer wissenschaftlicher Vorstand ist Prof. Dr. Werner Freitag. Der Historiker, der seit 2004 als Nachfolger von Johanek auch die Abteilung für Westfälische Landesgeschichte führt, hat nach einem Studium der Geschichtswissenschaft in Bielefeld mit einer Arbeit über Marienwallfahrten im Fürstbistum Münster promoviert. 1996 wurde er auf die Professur für Landesgeschichte am Institut für Geschichte der Universität Halle/S. berufen. Als Herausgeber konzipierte er die grundlegenden Stadtgeschichten von Gütersloh und Halle/S.
Prof. Freitag wird unterstützt durch Prof. Dr. Martin Kintzinger und Prof. Dr. Eduard Mühle vom Historischen Seminar der Universität Münster, die sich besonders bei der Tagungsvorbereitung und in Forschungsprojekten engagieren werden. Durch dieses Forschungsprofil wird sich das Institut für vergleichende Städtegeschichte in Zukunft noch stärker als bisher im Bereich der frühneuzeitlichen und modernen Stadt profilieren können.
Bereits Ende April 2007 hat der langjährige Verwaltungsvorstand, Josef Sudbrock, sein Amt als Geschäftsführer zur Verfügung gestellt. Sudbrock, von 1987 bis 1999 Erster Landesrat und Kämmerer des Landschaftsverbandes Westfalen-Lippe, hat maßgeblich die Umwandlung des Instituts in eine gemeinnützige GmbH betrieben. Sein Nachfolger ist Landesrat Matthias Löb, der seit 1996 als Jurist beim Landschaftsverband Westfalen-Lippe tätig ist und von 2001 bis 2006 als Referatsleiter der Kulturabteilung für die Bereiche Industriemuseen, archäologische Museen und Bau- und Bodendenkmalpflege zuständig war.